La orden jerónima se cruzaría en la vida de Cristina con la llegada de la II República y los ataques a iglesias y conventos. Un día, volviendo de Misa por la calle Velázquez se cruzó con dos monjas que le impresionaron vivamente. En seguida supo que eran jerónimas por su hábito, blanco y con el escapulario pardo, que en ellas estaba casi negro. Ambas pertenecían al convento de la calle Lista con Velázquez.
La propia Cristina contaría años más tarde que ese encuentro fue providencial, y entendió que Dios quería que dedicara sus esfuerzos a la recuperación de la Orden Jerónima. Tan importante fue ese día que durante toda su vida ofrecería una misa de acción de gracias cada 11 de mayo.
Para reforzar sus sentimientos, el mismo día coincidió con otras dos monjas jerónimas en casa de su amiga Teresa Igual, cuando fue allí a almorzar. En ella se encontraba también su capellán, Cipriano Martínez Gil (posteriormente mártir), quien empezó a llevar su dirección espiritual.
El 14 de septiembre de 1934, fiesta de la Santa Cruz, Cristina pide su admisión en el Convento de la Concepción Jerónima. Entró en la clausura el 28 de octubre, fiesta de Cristo Rey y tomó el hábito el 29 de abril de 1935, fiesta de Santa Catalina de Siena.
Un año después comienza la guerra civil, momento en el que las monjas del monasterio recibieron la orden de salir y dispersarse en grupos. Algunas de ellas recordarían como noches antes escucharon un coche rozando contra la pared del monasterio. Se trataba del vehículo que llevaba a Calvo Sotelo.
Tras unos contratiempos, Cristina recala en la casa de unas amigas que formaban parte de un grupo cercano a la Concepción Jerónima y al padre Cipriano. Pudo abandonar Madrid en la madrugada del Año Nuevo de 1937 camino de Alicante, donde tomaría un barco hacia Marsella. Finalmente alcanzó San Sebastián. Allí se reunió con su madre.
Sin embargo, no sería ese su destino final, sino que de allí partiría a Sevilla. Puesto que al ser una monja profesa debía incorporarse a un convento, se quedaría a vivir en el monasterio de Santa Paula, con el permiso del cardenal Segura, que ese mismo año fue nombrado arzobispo de Sevilla.
Pero los años de la Guerra los marcan, sin duda, el fallecimiento de sus hermanos Borja (en la ofensiva sobre Bilbao en 1937) y Jaime (en un accidente en el aeródromo de Tablada en 1938). La segunda noticia le supuso una impresión tan grande que le generó una complicación que provocó su traslado a San Sebastián, donde se encontraba el médico que la familia conocía bien (Ortiz de Urbina). Tardó 3 años en recuperarse por completo.
Reforma y reorganización de los monasterios jerónimos
Durante su convalecencia recibió una visita que marcaría la tarea de su vida: la reforma de la Orden Jerónima. El administrador apostólico Gaetano Cicognani se acercó a visitarla a Lazcano en enero de 1939. Su visita respondía al interés del papa Pío XII por conocer el estado espiritual y material de los monasterios de clausura, muchos de ellos muy empobrecidos.
El final de la Guerra Civil trajo consigo un resurgir de vocaciones. Así, el miércoles de Ceniza de 1941, 26 de febrero, el nuncio daba el hábito al padre José Ortí y 12 postulantes. Con ellos comenzaría la recuperación del monasterio del Parral en Segovia.
Al mismo tiempo y a solicitud del nuncio, Madre Cristina se encarga de la elaboración de un memorándum para realizar una federación de la Orden Jerónima. El propio nuncio le encargó que volviera a Sevilla, donde estaría su convento. Allí profesó el 9 de mayo de 1943, en manos del eminentísimo cardenal arzobispo, “que me otorgó, junto con otras hermanas, la consagración de las vírgenes, una de las que el Pontifical romano reserva a los obispos”.
El 1 de abril de 1944 fue elegida priora del monasterio de Santa Paula por primera vez, y no dejaría de serlo durante 40 años. Tres años después, el 3 de enero de 1947, falleció su padre en Madrid.
En septiembre de 1949 la Santa Sede le concede la visita de los monasterios andaluces. Una fecha que mantendrá siempre como relevante para la unidad de toda la Orden. Hay que recordar que el visitador es la persona encargada de mantener la disciplina y unidad entre las comunidades de una Orden.
El año 1950, Año Santo, marca el inicio de la Federación Jerónima. Se proclama el dogma de la Asunción y se promulga la constitución apostólica Sponsa Christi. Madre Cristina se ocupa de la redacción de las constituciones de varios monasterios. Para ello unifica textos antiguos, las directrices del Papa y el derecho vigente. Las constituciones quedaron terminadas en 1954.
Dos años después de finalizar la tarea, en enero de 1956, recibe la autorización para la visita de todos los monasterios de España, así como para convocar a prioras y delegadas para votar sobre la Federación. Esta fue aprobada por unanimidad en una reunión el 20 de mayo con el nombre de Santa Paula. Pío XII erigió y construyó la Federación de Santa Paula el 30 de julio.
El año 1963 reviste una gran importancia porque es en el que se ordena el primer jerónimo indio: fray José de Kerala. Se trata de una región de la India que mantiene la fe católica desde época apostólica, ya que en ella predicó Santo Tomás.
